В 2001-2003 годах вокзальный комплекс реконструировался  в связи с 1100-летием Пскова.  Работники Псковского института "Спецпроектреставрация" подготовили рабочий проект в 1999 году, с выдержками и чертежами из которого можно познакомиться здесь. 
   Работы начаты в 2001 году. Первую очередь обещали сдать к 1 мая 2002 года (не успели), а все работы закончить к маю 2003 года (не успели и к июлю). Вокзал обещали напичкать компьютерами и АСУ "Экспресс-3". Местная общественность при поддержке местных церковных иерархов выступила с просьбой во время реконструкции вокзала построить часовню в честь Николая II. В декабре 2002 года строительство часовни началось. 

    В мае 2002 года в Пскове заседала общественная комиссия по упорядочению названий улиц, на котором обсуждался вопрос о строительстве часовни в честь последнего Императора, отрекшегося от престола на Псковском вокзале. Предлагалось установить мемориальный вагон, но большинство проголосовало за часовню. Что касается места для нее, то представитель УВД горячо возражал против привокзальной площади, так как, по его словам здесь серьезная криминогенная обстановка, сосредоточение проституток, наркоманов и алкоголиков. Об этом сообщила "Псковская лента новостей".

  24 мая 2002 года заместитель губернатора области (курирует транспорт) Анатолий Салтыков заявил, что работы по реконструкции вокзала завершатся в этом году. По его словам, область своевременно перечисляет деньги Октябрьской дороги в качестве компенсации за проезд льготников. Дорога же тратит эти деньги только в пределах области, в том числе и на реконструкцию Псковского вокзала. В рамках реконструкции намечено внедрить на вокзале электронную систему предварительной продажи билетов. Из газеты "Новости Пскова".
   В июле 2002 года городская газета "Новости Пскова" сообщила, что пятнадцать эскизных проектов часовни для сквера железнодорожного вокзала в память об Императоре Николае , отрёкшемся в Пскове от престола, уже поступили в главное управление строительства, архитектуры и ЖКХ области. Итоги конкурса рассмотрит в начале августа (после общественного обсуждения) комиссия под руководством главного архитектора области В. И. Бессонова. Строительство часовни и благоустройство сквера планируется завершить одновременно с реконструкцией вокзала - в канун 1100-летия первого упоминания Пскова в летописи.

   12 августа  2002 года мэр Пскова М. Я. Хоронен провёл рабочее совещание на железнодорожном вокзале. Принято решение по деревьям перед вокзалом со стороны площади. Они останутся, хотя строители считают, что деревья скрывают само здание. До революции деревьев, как видите, не было. 

  Директор генподрядной организации Н. Н. Андреев пообещал, что строители освоят весь объём внутренних работ на левом крыле вокзала до 11 сентября. В этом году освоено 12 миллионов рублей. Строители обещают блестящие полы под мрамор, современную строгую, но красивую иллюминацию, дубовые двери, брусчатку вокруг здания, а в перспективе  хотят установить металлический забор от пешеходного моста через пути до автомобильного переезда.  На втором этаже идёт подготовка помещений для технического персонала вокзала. Со слов начальника вокзала А. А. Гурина, здесь не было ни одного перекрытия.  
   Начальник Псковской дирекции по обслуживанию пассажиров И. С. Дебуш заострил внимание городских властей на ужасном состоянии площади после выходных. Он пообещал мэрии и всем присутствующим, что первая очередь отреставрированного вокзала будет сдана через месяц. В конце рабочей встречи М. Я. Хоронен выразил общую надежду, что псковичам всё-таки удастся завершить реконструкцию вокзала к 1100-летию первого упоминания Пскова в летописи.   

   Специалисты института "Псковпроектреставрация" и ООО "Ремстрой-2" нашли в петербургских архивах чертежи старинного Псковского вокзала, построенного архитектором Пирелем. Сравнение проекта с тем, что сохранилось к моменту начала реконструкции, повергло их в ужас. Кстати, наши гости могут ознакомиться с выдержками из рабочего проекта специалистов института "Псковпроектреставрация". Планировка искажена, нет ажурных арок и некоторых лестниц, вместе с культурным слоем подняты полы... Сейчас вокзал все более приобретает свой первоначальный вид. Первая очередь вокзала, как и планировали, сдается теперь. Остальные работы будут продолжаться до будущей весны.  За семь месяцев с вокзала отправлено в пригородных и дальних поездах 724 тысячи пассажиров, в 2001 году за этот период - 732 тысячи. Наибольший рост произошел в пригородных направлениях. Но именно для этой категории нет ничего сейчас на вокзале. Все пригородные кассы вынесены за его пределы. Четыре кассы работают в районе багажного отделения.  30 миллионов рублей - стоимость работ по реставрации вокзала в Пскове. По словам железнодорожников, финансирование стройки осуществляет Октябрьская железная дорога. Администрация же Пскова, несмотря на предварительную договоренность, участвует в финансировании лишь путем взаимозачетов. 
   Возвращаясь к майским слухам о мемориальном вагоне, можно с уверенностью сказать, что существует приказ начальника Октябрьской дороги Г. Комарова о сроках окончания ремонта вокзала и создании мемориального вагона в память отречения Императора. Более того, подходящий вагон уже нашли, ремонтируют, а псковские чиновники еще не решили, кому поручить создание экспозиции. Ведь вопрос курирует Валентина Матвиенко. Июль 2002 года. Из газет.

  13 сентября 2002 года были подведены итоги конкурса проектов часовни у вокзала станции Псков, победителем которого стал архитектор  Сергей Кондратьев. По мнению главного архитектора области Владимира Бессонова, проект Сергея Кондратьева лучше всего вписывается в панораму вокзала по стилистике и пропорциям. По высоте часовня не превысит здание вокзала. 
  Часовню у Псковского вокзала, посвященную отречению Николая II от престола, будет строить ЗАО «Реставрационная мастерская». 
  В тендере на строительство часовни приняли участие всего 2 строительные организации: ООО «Савва» и "Реставрационная мастерская". Победитель приступит к строительным работам уже в ноябре, а закончить возведение часовни планируется до середины июля. Заказчиком объекта является ГУП "Псковинвестстрой", архитектор Сергей Кондратьев.

   Принято решение отметить 9 сентября 2003 года 140-летие железнодорожного вокзала в Пскове. Об этом сообщила газета "Псковская правда".  Как известно, вокзал строился с 1858 по 1863 год по проекту французского инженера Пиреля. Именно он был автором вокзалов в Вильнюсе, Владимире и Даугавпилсе. За это время вокзал ни разу полностью не реконструировался, после Великой Отечественной войны его восстанавливали из подручных средств, которые уже давно пришли в негодность. В  подвале, а его высота составляет 1,8 метра, для предотвращения дальнейшего разрушения фундамента был сделан пластовый дренаж на площади 3 тысячи квадратных метров. Отвод грунтовых вод сделали и снаружи, со стороны города, а также Санкт-Петербурга и Печор. 
  После того, как завершились работы по отводу грунтовых вод и завершилась прокладка сетей, в том числе и электрических, начался капитальный ремонт в здании вокзала. В ходе реставрационных работ вскрывались полы, потолки и межэтажные перекрытия, которые восстановлению не подлежат, их пришлось разбирать и менять полностью. Стропильная система левого трехэтажного ригалита вокзала была заменена вся, начиная от этажных перекрытий и заканчивая усилением и укреплением стен, которые имели солидные трещины. Таким образом, денежные средства, отпускавшиеся на весь вокзал, израсходовали на левое крыло. С начала строительства освоено 45 млн рублей, а всего на весь вокзал планировалось 39 млн рублей. Для завершения всех намеченных работ необходимо еще порядка 50 млн рублей. На первом этаже вокзала сделаны гранитные полы, а стены в кассовом и зале ожидания теперь из мрамора. Новая мебель изготовлена псковской мебельной фабрикой «Эвелина».  На сегодняшний день основные усилия сосредоточены на благоустройстве территории вокзала, которое включает работы по облицовке гранитом цоколя здания и завершения работ по крыльцу, кроме того, зимой по специальной методике будет производиться укладка брусчатки на перронной части и лицевой площади. С 1 ноября прекращено движение пассажиров и персонала по правой части вокзала, и будет работать только левая. Некоторое время вместо электронных систем информации будет функционировать лишь простое информационное табло. Приводим фотографию левого крыла вокзала из газеты "Псковская правда".
   В Пскове в отремонтированном здании вокзала планируется установить  систему продажи железнодорожных билетов "Экспресс-3". Предыдущая система резервирования мест и продажи билетов "Экспресс-2" действовала более 20 лет. Система автоматизированного управления перевозками "Экспресс-3" появилась в России в 2002 году. 

     28 сентября 2002 года  планировалась (в какой раз?) сдача в эксплуатацию левого крыла реконструируемого железнодорожного вокзала в Пскове. Проделано уже около 40% работ по полной реконструкции вокзала. В левом крыле полностью заменены перекрытия, коммуникации, проделаны отделочные работы, обновлён фасад здания. По состоянию на 15 октября левое крыло внутри заколочено досками, но снаружи убрали часть строительного забора. Снята крыша с правого крыла вокзала.

    Строители в конце октября 2002 года  сдали левое крыло Псковского вокзала. В бежево-коричневых тонах выдержаны все интерьеры. Кресла советского образца (только вместо фанеры продырявленный металл, чтобы  парни в ожидании поезда не смогли вырезать имя любимой девушки) в зале ожидания произвели печальное впечатление. Хотя их хвалят и в местных газетах и по телевидению. Пишут, что кресла купили то ли в Самаре, то ли в Саратове. Еще сообщают, что все деньги, выделенные на ремонт всего вокзала, уже  "освоены" на левом крыле. Кучи грязи вокруг и поиски  способа попасть в левое крыло -там много дверей, но они или закрыты, или через них не пускают работники вокзала. Привлекла внимание уборщица, кипятившая чай у самого входа - наверное, более удачного места для розетки не нашлось. В кассовом зале потолки до неприличия низки. Объем помещения не рассчитан на присутствие большого числа пассажиров. Просто кому-то из начальства на втором этаже захотелось высоких потолков, пол и опустили за счет первого этажа. Это приведет лишь к обморокам среди пассажиров, стоящих в очередях. Благодаря местной прессе попала в историю билетный кассир Юлия Махова, которая продала первый билет на новом кассовом терминале.

   В июле 2003 года  на привокзальной площади в Пскове открылась новая часовня. На ней надпись: "Царская часовня в честь Воскресения Христова сооружена к 1100-летию г. Пскова усердием губернатора Евгения Михайлова, освящена архиепископом Псковским и Великолукским Евсевием 17.7.2003. Господи, прими наше покаяние и утверди на пути воскресения родной России и ее народа в духовной силе и правде. Автор проекта - архитектор Кондратьев С.Н."    В конце июля 2003 года Псков шумно отметил свое 1100-летие. К юбилею отремонтировали снаружи вокзал, установили часовню на привокзальной площади, выложили перрон брусчаткой, снесли на перроне деревянный домик рядом с пригородными кассами и здание багажного отделения между зданиями ОПП и WC. Заодно убрали стоянку такси с привокзальной площади - на фоне борьбы губернатора с конкурентами городских автобусов это выглядит естественно. Табличку в память об отречении Николая II перевесили. Теперь она на перроне справа от центрального входа. Судя по тому, что внутрь вокзала не пускают, там не успели пока осуществить задуманное. Правда, 23 июля губернатор и мэр открыли вестибюль - перерезали ленточку. Вот второе фото этого события. Но потом ленточку повесили обратно. Вестибюль пассажирам, пожалуй, и не нужен- там будет только окошко дежурного по вокзалу да картинная галерея. Местную и железнодорожную прессу радует почему-то факт переноса касс из просторного вестибюля в закуток в правом ризалите. Постоял бы кто-нибудь из пишущей братии в жару в этой комнатушке с низкими потолками... Еще запомнился "поезд культуры", прибывший из Москвы 21 июля и убывший 23 июля.

  Зимой 2003-2004 годов в зале ожидания появилось электронное табло о прибытии-отправлении на 5 строк. Ремонт правого крыла заморожен. В центральном зале окошко дежурного по вокзалу и стенд с фотографиями. Осенью установлен банкомат Балтийского банка и дактильный дисплей справочной системы "Экспресс 21ИСУ". 

       "На Псковском вокзале, где завершается реконструкция, дежурные справочных бюро могут вздохнуть спокойно. Им на помощь скоро придет электронный помощник. Информационно-справочная установка "Экспресс-21ИСУ" уже в пути. Она будет смонтирована в только что отремонтированном зале. Псковичи уже привыкли к новшеству. Первый такой робот-информатор работает в первом зале, реконструкция которого закончилась в прошлом году.
   Получить информацию предельно просто. Одно прикосновение к нужному изображению на экране интерфейса - и на мониторе появляется справка. "Экспресс-21ИСУ" все знает о поездах: об их маршрутах, ценах, о наличии свободных мест, времени отправления и прибытия... А главное - информация эта самая достоверная. Пассажир получает ее прямо из электронной базы системы "Экспресс".
    Любители узнать, что внутри у ИСУ, могут отдыхать. Антивандальная конструкция устройства не позволит им удовлетворить любопытство. На испытаниях установка выдержала целую серию ударов разной силы - и неизменно выдавала правильную информацию о поездах.
    Еще 18 таких справочно-информационных роботов скоро появится на разных вокзалах дороги."
 "Справку даст робот". "Октябрьская магистраль" 2 марта 2004 года

  В начале апреля 2004 года на вокзале работал автоинформатор, сообщающий через несколько минут о прибытии и отправлении поездов. В том же апреле от его услуг отказались. В мае-июне объявления делает уже человек, от которого никогда не услышишь извинений за опоздание пригородных поездов (даже на 30 минут!). Догадались, наконец-таки, что тесновато пассажирам в той комнатушке ("кассовый зал"), открыли дополнительную кассу на 2 этаже.
 Из главного зала убрали стенд с фотографиями, посвященный ремонту вокзала. Для чего этот зал, спрашивается? Для встречи начальников, показухи? Люди раньше здесь у касс в очередях стояли - просторно, не душно, большое расписание. А теперь загнали тех, кто стоит в очередях, т.е. пассажиров, в маленькую комнатку и очень гордятся, что в огромном зале только окошко дежурного по вокзалу. А как же мнение приезжавшей сюда госпожи Матвиенко? 
 Из наблюдений обычных пассажиров.

  "Настоящим подарком к майским праздникам для жителей и гостей города Пскова стал пуск вокзального комплекса. Государственная комиссия дала высокую оценку работе строителей псковского ООО "Ремстрой-2".
   Три года велись работы по реконструкции и одновременной реставрации вокзала, который отметил в прошлом году свое 140-летие. Все вокзальные службы еще летом переехали в отремонтированные помещения. К 1100-летию города Пскова строители обновили кассовые залы и залы ожидания, а теперь сдана последняя очередь исторического комплекса, памятника архитектуры 19 века. Первоначальный облик его пришлось восстанавливать по чертежам, ведь в годы войны здесь почти все выгорело. После сильных разрушений и последующих вмешательств строителей в конструкцию вокзал утратил немало ценных элементов декора и интерьеров здания. 195 миллионов рублей - общая стоимость произведенных работ. Специалисты считают, что обновленный вокзал в Пскове в течение ближайших лет не потребует никакого ремонта, никаких капитальных вложений.
  В первые дни мая первых посетителей приняла вокзальная гостиница. Гости Пскова высоко оценили комфорт и уют комнат, профессионализм персонала.
  Строители сдали также помещение вокзального ресторана. Сейчас начинается оснащение его технологическим оборудованием. Уже определен арендатор, оговорены условия эксплуатации. Скоро и ресторан на вокзале распахнет двери для псковичей." 
  6 мая  2004 года "...И гостиница на вокзале"  газета "Октябрьская магистраль" О.ПЕЧОРА 
*** Ага! Значит пустой главный вестибюль предназначен для прохода "простых" псковичей в ресторан! И чтобы пассажиры не мешали проходу...

   Впечатления пассажира - "Как я ездил в Псков, к тете" 10 июля 2004 года. Газета "Октябрьская магистраль".

  При посещении вокзала 1 августа 2004 года (День железнодорожника) впервые на здании вокзала со стороны платформ замечены два указателя (ресторан и медпункт), а также часы (пока в полиэтилене). На WC появился также соответствующий указатель. Позже количество указателей выросло.

  В октябре 2004 года впервые замечено огромное количество видеокамер. В главном холле появились несколько сидений и стенд "Их разыскивает милиция". Что касается часов на вокзале. В главном холле часы "Хронотрон". На них перепутаны местами IV и VI,  IX и XI. На платформе двое часов WNK. Здесь тоже непонятное - вместо IV  стоит IIII.

   В феврале 2005 года в зале ожидания появились два плазменных телевизора.

  В конце декабря 2005 года в помещении до сих пор неработающего ресторана пару дней была маленькая ярмарка, к железной дороге отношения не имеющая. На Новый 2006 год в главном вестибюле стояла елочка.

 В 2008 году вокзалу 145 лет. Поздравляем! Ресторан пока не работает, зато есть маленький и уютный буфет с радушным персоналом. В главном фойе, кроме банкомата на видном месте красуется стенд с покойниками и бандитами. Зато на день железнодорожника сделали выставку детского рисунка. На одной стороне ребенок разглядывает трогательное творение своего сверстника, с другой - родители разглядывают бандитов :-(